Nejen zdejšímu náměstí, ale i celé Jistebnici vévodí kostel zasvěcený sv. archandělu Michaelovi, který byl postaven na kopci Návoz.
Byl zde už za pánů z Rožmberka, dokonce dříve než první zmínka o obci a než kaple sv. Máří Magdalény.
Už v roce 1350 o něm nacházíme zmínku v popisu pražské diecéze mezi farnostmi bechyňského arcijáhenství. To se ale jednalo o zcela jinou stavbu s jednou lodí a skromnou výzdobou, postavenou v románském slohu, na jejímž místě v letech 1380 - 1385 vznikl svatostánek nynější.
Kostel je postaven ve tvaru rovnoramenného kříže, jeho délka činí přibližně 28 m a zajímavé je, že v jeho lodi nejsou podpůrné pilíře. Zklenutí kostela je gotické, osvětlen je 8 okny, z nichž to nejblíže oltáři je zdobené malovanou postavou sv. Otomara. Okno kostelu věnoval v roce 1901 baron Otomar Nádherný z Borutína na památku své stříbrné svatby. Z kostelní lodě se oddělují dvě kaple.
Na severní a východní straně kostela si můžeme všimnout střílen. Lze proto dovodit, že kostel sloužil a nebo měl sloužit jistebnickým jako úkryt v případě ohrožení. Není zcela jasné, zda byly střílny vybudovány v době husitských bojů, či za třicetileté války.
Hlavní oltář je portálový, zhotovený v barokním stylu, a stojí na něm sochy Panny Marie a sv. Jana. Velký oltářní obraz představuje sv. archanděla Michaela a doplňuje ho ještě obraz menší s námětem sv. Trojice. V kapli u věže se nachází oltář Panny Marie Lurdské a na dvou postranních oltářích jsou obrazy sv. Václava a sv. Kateřiny. Všechna tato obrazová díla namaloval Josef Huttary a byla sem pověšena při přestavbě kostela v polovině 19. století. Na zdech visí 14 zastavení křížové cesty od Bedřicha Kamarýta z počátku 20. století (1902). Obrazy křížové cesty patří do takzvané nazaretské školy, jde o olejomalby na plátně o rozměrech 120 x 80 cm rámované a nad horní lištou zdobené vyřezávaným nástavcem s číslem. Prodělaly restauraci a již jsou umístěny v kostele. Ve výklenku blízko oltáře sv. Kateřiny stojí cínová křtitelnice v podobě obráceného zvonu stojícího na zvířecích nohách. Nese nápis ,, Anno 1674-R. 1850. A.M“. V sakristii kostela se nachází stará studna, o níž se traduje, že jde o studnu novokřtěnců, tedy vyznavačů svátosti křtu až v dospělosti.
Pod podlahou kostela je vystavěna krypta.
Dříve byl v dlažbě viditelný kámen, který dokládal, že v kryptě je pochován Oldřich Doudlebský z Doudleb, tak jak si před smrtí přál.
Dominantou kostela je čtyřpatrová gotická věž, jejíž stěny mají šířku přibližně 5,5 m a celková výška je uváděna 37 m.
Ukončena je cibulovitou bání, na níž je praporcová korouhvička se železnou korunou. Na věžních oknech je patrný gotický oblouk a v místech, kde dříve bývalo obydlí hlásného, se nachází hodinový stroj, jenž byl pořízen v roce 1736.
Kolem celé věže vede ozdobná pavlač. I když byl kostel v roce 1718 barokizován, ve druhé polovině 19. století se vrátil zpět ke gotické podobě.
Původně byly podle místního historika Romana Cikharta ve věži kostela pověšeny 3 zvony.
Největší z nich nesl jméno Michal, jeho průměr činil 1,26 m a vyrobil ho v roce 1515 zvonař Bartoloměj z Prahy.
Zvon byl opatřen nápisem, který v překladu zněl: „Ke chvále Boha Otce všemohoucího, blahoslavené Marie Panny a všech Svatých.“
Druhý zvon byl umíráček z dílny stejného zvonaře a vyrobený byl o sedm let později. Třetí zvon – Poledník – pocházel až z roku 1644 a zhotovil ho mistr zvonařský Stanislav z Roudnice.
Ozdoben byl reliéfem sv. Václava a okraj zvonu byl lemován počátečními slovy žalmu č. 150: „Haleluja. Chvalte Boha v jeho Svatosti.“
Ve farní knize nacházíme zápis, že na věži býval ještě čtvrtý zvon, Dominikál – který byl prý v roce 1787 svržen dolů, rozbit a rozprodán.
Část výtěžku z prodeje připadla místní škole a z části byly pořízeny nové varhany.
Tyto zvony visely na věži zřejmě ještě počátkem 20. století.
V době 1. světové války měly sice být zrekvírovány, ale obec Jistebnice i duchovní správa se bránily natolik silně, že c. k. úřady nakonec zabavení neprovedly.
Zabavení se ovšem jistebnickým zvonům nevyhnulo 11. dubna 1942. Tehdy byly z věže sňaty a odvezeny do skladu v Praze na Maninách.
Naštěstí už nedošlo k jejich roztavení a po válce byly na věž znovu zavěšeny.
Uvádí se však, že v té době šlo o zvon Michal a další dva jménem Rozálie a Václav.
Oba měly být z roku 1934 a není zřejmé, zda šlo o přetavené zvony původní, či zcela nové. V roce 1973 byly na věž vyzdviženy další zvony – Adam a Eva.
Posledním zvonem jistebnického kostela je malý zvonek zavěšený v lucerně.
První varhany se v kostele zřejmě objevily v roce 1636, jak uvádí zápis v městské gruntovní knize.
Zhotovil je varhanář Pavel Rosel. Ty byly ale zřejmě poškozeny při vpádu švédského vojska, protože v knize najdeme také záznam o jejich opravě.
Zajistil ji jakýsi neznámý varhanář a oprava stála asi 24 kop krejcarů.
Jako varhaníci jsou v té době uváděni Jan Joachim Šmidelin a jeho syn Jan, Václav a Bohumil Bozečtí či kantor Tomáš Váňa.
Roku 1900 se stal novým farářem v Jistebnici Julius Slivka.
Za jeho působení byla do kostela instalována nová zpovědnice a došlo také k výměně starých varhan za nové z dílny Čeňka Škopka z Tábora.
Ve dvacátém století byl kostel ještě několikrát opravován, ale k zásadní změně podoby nedošlo, jen v roce 1922 byl kostel elektrifikován.
