Tvrz v Jistebnici lze vystopovat až od poloviny 13.století, kdy byla postavena tehdejšími majiteli pány z Rožmberka, pravděpodobně jako sídlo purkrabího.
Majitelé tvrze se střídali stejně, jako se střídali majitelé Jistebnice, a když v roce 1537 Jistebnice a její osady připadly městu Tábor, byla již tvrz neobývaná a částečně spustlá.
Po několika desetiletích došlo dokonce k jejímu částečnému zboření, takže zbyly pouze zdi.
Koncem 17.století ale Lobkowiczové rozhodli o rekonstrukci tvrze.
Mezi dochované půlválcové nárožní bašty bylo tehdy vestavěno jednopatrové křídlo, které zřejmě obýval hejtman.
Ke staré hradbě byla někdy v 18.století přistavěna sýpka a zachovala se také bašta na nádvoří, kde snad mohla být šatlava. Podle nalezených zpráv byl koncem 19.století v tvrzi byt ředitele velkostatku, kancelář a archiv panství.Lobkowiczové vlastnili objekt až do roku 1829. Poté patřil rodině Nádherných z Borutína.
Nádvoří i objekty tvrze v Jistebnici sloužily pro potřeby zabírala firma na výrobu letlamp a kovosoučástek. Nějakou dobu zde průmyslové výroby. Sídlila zde v minulosti výroba hřebenů, poté část objektu byly také kanceláře jednotného zemědělského družstva. Samozřejmě že každé využití znamenalo tu drobné, tu větší stavební zásahy.
Po listopadové revoluci se jistebnická tvrz vrátila zpět majitelům, kterým byla po roce 1945 zabavena, ale objekt stále chátrá.
Majitel Petr Scholle žije totiž v Jižní Americe a na opravu tvrze mu chybějí peníze.
Přesto byla v nedávné době zpracována studie (autorka Bohumila Mrzenová), podle které by v tvrzi a nově navržených budovách mohlo být kulturně společenské centrum s plaveckým bazénem, tělocvičnou a fitness. Nechyběla by kavárna, knihovna, galerie a služby jako kadeřnictví, masáže či lékařské ordinace.
